Linajes y variantes: escuadrón viral

Cd. de México (Reforma).- Alfa, Beta, Gamma, Delta… Designadas así, las variantes del SARS-CoV-2 parecieran batallones desplegados por un obstinado comandante en su incesante campaña para burlar la defensa humana con sus elementos más peligrosos y escurridizos.

Esto al grado que, aún frente a una de las armas más poderosas desarrolladas hasta ahora como son las vacunas, el escuadrón viral ha conseguido seguir adelante con su ofensiva.

En realidad, el surgimiento de estas variantes es algo que ha ocurrido desde antes de la aplicación de las primeras vacunas, y no con esa villanía que el imaginario colectivo en ocasiones confiere a un virus que no ha hecho sino actuar conforme a su naturaleza como partícula infecciosa.

“Esta evolución o generación de variantes es normal y se da, por un lado, como respuesta a la inmunidad que va generando el cuerpo (frente al virus); y, por otro lado, como respuesta en la competición entre los diferentes virus, ya sea entre coronavirus y otro virus, o diferentes coronavirus.

“Y estas variantes lo que buscan normalmente es ser más transmisibles”, remarca en entrevista telefónica el médico cirujano, maestro en ciencias de la salud y doctor en ciencias Andreu Comas García.

El origen de todo esto está en la reproducción misma del virus. Cada vez que infecta a alguien es una nueva oportunidad para poderse replicar; sin embargo, en esta replicación ocurren errores, explica también a REFORMA el doctor en ciencias bioquímicas con especialidad en bioinformática Fidel Alejandro Sánchez Flores.

“Esos errores son azarosos y, finalmente, cambian la secuencia de la información genética que tiene el virus”, apunta vía telefónica el encargado de la Unidad de Secuenciación Masiva y Bioinformática del Instituto de Biotecnología (Ibt) de la UNAM, y presidente de la Academia de Ciencias de Morelos.

“Si alguna mutación o alguno de estos cambios por error confiere alguna ventaja, eso provoca que el virus se seleccione. Es decir, al tener una ventaja, como podría ser mayor transmisión, mayor replicación, etcétera, entonces la naturaleza lo selecciona porque le permite infectar de manera más fácil o eficiente a más personas”.

Tales mutaciones, expone el científico y divulgador español Miguel Pita en su libro Un día en la vida del virus, habitualmente se observan una vez que un virus ha establecido una dinámica de convivencia con una especie, teniendo cada vez más encontronazos con sus defensas.

Los cambios comienzan a destacar ante el análisis de los expertos en tanto las partículas víricas novedosas logran escapar al ataque del sistema inmunológico con mayor facilidad que los viriones originales.

“Mientras no se erradique, el virus siempre podrá mutar y volver a adquirir la capacidad de infectar a individuos que superaron la enfermedad, cuyas células de memoria no reconocen claramente a esta nueva versión sutilmente distinta del virus.

“Los nuevos viriones mutantes muestran pequeñas variaciones en las proteínas, como si fuesen disfrazados, que despistan a nuestras defensas”, escribe Pita.

Precisamente eso es lo que ha ocurrido con el SARS-CoV-2, que ha ido acumulando mutaciones desde que comenzara a diseminarse desde China, país en donde fue caracterizado por primera vez.

A la base de esos cambios destaca D614G, denominado así por la sustitución que ocurre del ácido aspártico (D) por glicina (G) en la posición 614 de la proteína Spike que está en la envoltura del virus, hasta ahora la parte más estudiada del mismo al ser su llave de entrada a las células y uno de los blancos de los anticuerpos.

“El primer cambio que se encuentra en este coronavirus que ya difiere de la secuencia que salió de Wuhan, el primer cambio que se registró, es el D614G”, reitera Sánchez Flores, resaltando que dicho cambio ya estaba presente en la primer muestra secuenciada en México el año pasado.

“Y ha sido ya muy probado que (este cambio) tiene una mayor transmisión. Se han hecho experimentos en ratones, en cultivos celulares, y ahí se han comprobado estas capacidades y ventajas que confirman lo que se observó: el porqué de repente esta variante empezó a verse y predominar en todo el mundo”.

Tanto Sánchez Flores como Comas García pertenecen al grupo de análisis del Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica (CoViGen-Mex), integrado por instituciones universitarias y gubernamentales que secuencian masivamente muestras de todo el territorio nacional, y cuya plataforma MexCov2 permite visualizar la distribución de las diferentes variantes que han circulado en el País.

Ahí puede constatarse que en México se ha registrado el paso de un centenar de variantes distintas, muchas de ellas encontradas de forma única o en apenas un par de secuencias.

Es decir, a pesar de este amplísimo catálogo de mutantes, varias de ellas representan menos del 1 por ciento del total de muestras del País, que actualmente dominan tres únicamente: Alfa, Gamma y Delta.

Y lo mismo ha ocurrido en el mundo, señala Comas García, miembro del programa de Vigilancia Integral del Riesgo en Unidades Sindémicas (VIRUS) de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí (UASLP).

“Hay miles de variantes únicas, pero de esas miles de variantes únicas la gran mayoría ni siquiera son de interés y mucho menos de preocupación. Tenemos variantes que, genómicamente hablando, es como tal una variante, pero es una muestra que nada más se detectó una vez en el mundo”, subraya.

Filogenia, interés y preocupación
Con tantos cambios y mutaciones, era necesario para los investigadores clasificar todas estas nuevas variantes que han ido surgiendo, y la forma de hacerlo fue a través de la filogenia, que es el estudio de las relaciones entre diferentes grupos de organismos y su desarrollo evolutivo.

Una especie de árbol genealógico, ilustra Sánchez Flores, donde ese primer virus de Wuhan constituye la raíz.

“Obviamente, las que se hablan más son las mutaciones que suceden en la proteína de la espiga, la proteína Spike, pero a final de cuentas el virus tiene muchas más mutaciones o cambios, y eso hace que le salgan ramas a este árbol. Estas ramas reflejan la historia evolutiva del virus, y dentro de esas ramas tenemos a las variantes”, detalla el bioinformático.

“Con este esfuerzo mundial que se hizo de caracterizar toda la información genética del virus, finalmente hay información para más de 2 millones de genomas virales de SARS-CoV-2, y con esto se ha hecho una filogenia muy completa donde se ha visto el camino evolutivo”.

Aquí, entre todo ese gran cúmulo de cambios, es donde se ubican las variantes que han captado la atención de científicos, autoridades, medios y sociedad misma al estar asociadas a una mayor transmisión en ciertos países.

Que si la variante inglesa (B.1.1.7, o Alfa), la sudafricana (B.1.351, Beta), la brasileña (P.1, Gamma) o la india (B.1.617.2, Delta), por ejemplo, que son cuatro de las 11 variantes con mayor éxito en cuanto a su capacidad de reproducción y transmisibilidad por el mundo, y las que han sido caracterizadas como variantes de preocupación, mientras que las siete restantes son variantes de interés.

“La variante de interés es aquella que tiene alguna asociación con una mayor transmisión en una población, y que ocupa un mayor número en los casos que se registran. Las de preocupación son aquellas que empiezan a acumular mutaciones que posiblemente les confieren la capacidad de escapar al sistema inmune”, precisa Sánchez Flores.

De acuerdo con el investigador del Ibt, hasta que no se compruebe que son capaces de escapar completamente a la respuesta del sistema inmune, sobre todo a la que inducen las vacunas, se les sigue considerando variantes y no nuevas cepas, como algunos suelen referirlas indiscriminadamente.

¿Es lo mismo un linaje que una variante?
La variante se refiere a los cambios; el linaje se refiere a esta comparación o diferenciación entre los distintos cambios que hay en el virus. Entonces, una variante o ciertas variantes pueden pertenecer a un linaje, y los linajes finalmente son estas ramas de cómo evoluciona el virus. El primero es un término práctico en el sentido de los cambios, y otro es más bien cómo se diferencia el virus en este gran árbol que están formando, en esta gran familia.

De menor a mayor, complementa Comas García, primero están las variantes, luego los linajes y después las cepas.

“Por ejemplo, están Gamma (P.1) y Zeta (P.2, variante de interés identificada también en Brasil): las dos son dos variantes diferentes, pero pertenecen al mismo linaje”, apunta.

Del centenar de variantes que han pasado por México, varias han sido homoplasias, que es un término para referir un cambio evolutivo paralelo que hace que dos organismos presenten un mismo carácter adquirido independientemente.

En otras palabras, muchas de estas variantes presentaban cambios observados en otras partes del mundo, pero se generaron de forma independiente y azarosa aquí. Y al no ofrecer ninguna ventaja evolutiva, simplemente desaparecieron.

“Por eso hay tantas variantes que se han registrado y que han circulado, pero de repente son desplazadas, porque no tienen esa capacidad o esas ventajas que sí tienen estas 11 (variantes de interés y preocupación) de reproducirse tan rápidamente o transmitirse con mayor eficiencia, y finalmente desplazan a las otras, compiten y se desplazan”, recalca Sánchez Flores.

De forma que las que se han impuesto por sobre las demás, hasta este momento, son Alfa, Gamma y Delta, reitera Comas García sin omitir el impacto de B.1.1.519, básicamente una variante de interés nacional, ni la presencia de Epsilon (B.1.427, B.1.429).

“La B.1.1.519 fue la variante que generó el brote de noviembre a febrero. Nunca llegó a ser clasificada ni como de interés ni nada más, pero fue una variante que surgió entre México y Estados Unidos, y es la que nos llevó a este brote tan terrible de invierno.

“En cuanto a la Epsilon, surgió en California, pero no ha tenido una gran representación ni un gran repunte, ni tampoco una gran transmisión”, indica el científico de la UASLP.
¿Se han registrado síntomas específicos o mayor gravedad de la enfermedad por contagiarse con una variante que con otra?

No, eso se ha buscado y no hay diferencia hasta ahorita ni en la gravedad ni en la sintomatología. Lo que pareciera ser, pero todavía no es un dato duro, es que estas nuevas variantes de preocupación tienen un periodo de incubación ligeramente más corto que el original, por uno o dos días. Pero todavía no es un dato duro que podamos reproducir de manera confiable.

Sánchez Flores agrega que lo único que se ha visto en casos muy contados con las variantes es que la gente que no está vacunada presenta una mayor lista de síntomas que quienes sí están vacunados.

“Pero realmente no es claro. A final de cuentas, el cuadro clínico sigue siendo el mismo con algunas variaciones de síntomas en lo individual, pero no hay nada claro”.

Y es que en realidad esto pudiera estar más relacionado con la bien conocida entrada del virus a través de la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2), receptor celular presente en muchos tejidos del cuerpo, y con el proceso inflamatorio con que responde el sistema inmune y que se puede salir de control.

“En general, el virus como tal no es necesariamente responsable de los síntomas; es más bien tu cuerpo como decide atacar al virus para tratar de eliminarlo. En ese proceso de estrategia inmunológica es como se manifiestan los síntomas clínicos”, dice Sánchez Flores.

“Y lo que sí se sabe es que los síntomas graves definitivamente están asociados a las comorbilidades y a la edad. A mayor edad se sabe que las células tienen mayor receptores ACE2, lo mismo que los diabéticos, los hipertensos, las personas con obesidad, entonces tienen mayor probabilidad de desarrollar cuadros clínicos graves aun estando vacunados”.

Ante la copiosa serie de cambios que ha tenido, el coronavirus que conocimos durante el 2020 prácticamente ya no existe, estima Andreu Comas García.

“Hoy tenemos un coronavirus muy diferente, donde sin duda el que va a dominar es la variante Delta, y no sabemos muy bien cómo va a evolucionar, no sabemos muy bien qué tanta protección nos dan las infecciones previas ni qué tanta protección nos da la vacuna.

“Con este crecimiento tan grande que ha habido de la variante Delta, tenemos todo un panorama nuevo; casi pareciera ser como un borrón y cuenta nueva”, opina el médico, virólogo y epidemiólogo.

“Porque países como España, Francia, Inglaterra, Estados Unidos y México, que ya tienen gran parte de su población con anticuerpos, sobre todo por la infección que tuvieron más la pequeña vacunación, aun así estamos teniendo brotes grandes”.

Es justo en esto donde radica la principal preocupación en torno a las variantes agrupadas bajo esa categoría, por la repetida evidencia a lo largo del mundo de su capacidad para disminuir la eficiencia de las vacunas.

“Cada vez se han reportado más y más informes de, ante las variantes, cómo se ven disminuidas vacunas como AstraZeneca, Pfizer y Moderna, que llegan a tener disminuciones de hasta un 20 o 30 por ciento de eficiencia, donde se sabe que los anticuerpos son menos efectivos entre dos y seis órdenes de magnitud menores cuando están en contra de estas variantes. Pero las células T siguen respondiendo bien.

“Entonces, hay que acelerar la vacunación, porque si lo hacemos y llegamos al famoso 87 por ciento para la inmunidad grupal, tenemos más oportunidad de cortar la transmisión del virus, sobre todo de estas variantes”, exhorta Fidel Alejandro Sánchez Flores.

¿Serán necesarias nuevas vacunas específicas contra las variantes o el llamado refuerzo o boost?

Lo del boost, a final de cuentas, es una opción; sobre todo yo creo que este boost va a incluir la información de las nuevas variantes. Y dependerá mucho también de cómo responda el sistema inmune.

Afortunadamente, suma Comas García, las vacunas de ARN mensajero, como las de Moderna y de Pfizer, técnicamente son fáciles de modificar.

¿Estamos ya ante una enfermedad endémica?

No, todavía no. El día que podamos llegar al punto de la endemicidad, es decir, que (Covid-19) se comporte como la influenza y tenga una muy baja transmisión a lo largo del año, con picos invernales, entonces ese día podremos volver a la realidad, o a lo real que conocíamos antes.

Todavía estamos lejos de esa endemicidad y probablemente vamos a necesitar mejores vacunas y antivirales para lograr esa endemicidad, y sobre todo entender la dinámica de transmisión y de evolución de este virus.

En el camino hacia ello, el virus continuará acumulando muchos más cambios hasta alcanzar un balance.

“Posiblemente al cabo de un año o un par de años, el virus se atenúe como le pasó a la influenza. Los virus se atenúan”, describe Sánchez Flores.

“Esto quiere decir que encuentran una manera en que pueden seguir transmitiéndose, pero a final de cuentas los síntomas que causan ya no son tan graves, porque también si rebasan a su hospedero, si matan a todos los que podrían alojar el virus, pues simplemente no existirían”.

Así, prosigue, lo más seguro es que la humanidad gane la batalla con las vacunas y con tratamientos y fármacos -que por el momento han sido difíciles de desarrollar- o bien el virus transite por ese camino evolutivo en el cual alcance ese balance.

“Entonces podrá infectar, tal vez con una eficiencia tan buena como la de ahora, pero ya no generará síntomas tan graves. Este virus encontrará este balance en su nicho, que son los seres humanos y posiblemente vaya a explorar otros huéspedes u hospederos.

“Ya sabemos ahorita que ha acumulado otras mutaciones que le permiten infectar, por ejemplo, a felinos. Esas son otras variantes que ahora van e infectan a otros animales y que no necesariamente regresan al humano. Ese siempre también es el camino de los virus”, señala.

Protección: lo que sirve y lo que no
Mientras ese balance no se consiga y el SARS-CoV-2 continúe su hostil cruzada, no queda más que mantener las medidas de mitigación. Pero discerniendo tajantemente entre lo que, tras casi año y medio de pandemia, se ha comprobado que funciona de aquello que no.

“Número uno: el cubrebocas; dos: espacios bien ventilados, y tres: evitar aglomeraciones. Eso es lo que hoy por hoy sabemos que es lo que nos está protegiendo”, enlista Andreu Comas García, descartando medidas como la sanitización de espacios.

“Ya sabemos que la transmisión no es por contacto con dinero, no es por la ropa, no es por fomites (objetos inanimados que pueden llevar y extender enfermedad y agentes infecciosos). Lo importante es la transmisión por vía aérea; entonces es ventilación y cubrebocas, eso es lo esencial”.

Y es que menos del 8 por ciento de los casos de contagio fueron realmente por contacto con superficies contaminadas, remarca Fidel Alejandro Sánchez Flores, refiriendo los resultados de un estudio.

“Entonces no va por ahí”. apunta.

Ni tapetes sanitizantes ni la toma de temperatura a la entrada de espacios cerrados, continúa, que no son sino medidas que han dado a las personas una falsa percepción de seguridad.

“Aquí en el País a todos los lugares que vamos te miden la temperatura, y te la miden mal porque lo hacen en el brazo. Debe ser en la frente, pero esta medición puede estar afectada por muchos factores; simplemente usar protector solar va a modificar entre 1 y 2 grados la temperatura que registra el termómetro de infrarrojo”, advierte.

“Por otro lado, lo que sabíamos: hay mucha gente que es asintomática. Incluso ahora con las vacunas va a haber todavía más gente que es asintomática. Entonces medir la temperatura es un despropósito porque nadie hace nada. No he visto a una sola persona que no la dejen entrar, porque ni siquiera se fijan qué temperatura registran”.

Debido a esta misma sensación de falsa seguridad que medidas como los tapetes sanitizantes y medición de temperatura han ofrecido, más el hecho de haber sido vacunadas, algunas personas se exponen más a estar en ambientes cerrados, mal ventilados y muy concurridos.

“Y otra cosa que aprendimos durante año y medio de pandemia es que el virus se transmite por vía aérea, y entonces aunque un cuarto esté solo, si llegó a estar saturado y no se ventila, pueden quedarse flotando aerosoles que contengan partículas virales”, dice el presidente de la Academia de Ciencias de Morelos, poniendo como ejemplo los baños públicos, importantes focos de infección por la poca ventilación.

De ahí que algo realmente efectivo sea instalar filtros de Aire Particulado de Alta Eficiencia (HEPA, por sus siglas en inglés) en los sistemas de aire acondicionado, sobre todo en aquellos que no recirculan el aire, sugiere Sánchez Flores.

Así como medir la concentración de CO2 en el ambiente, que es una manera indirecta de conocer la saturación de partículas suspendidas en el aire.

“Arriba de entre 600 y 900 partes por millón de CO2 en una habitación ya es indicio de que se está saturando el ambiente. Arriba de 900 ya es necesario ventilar ese lugar. Eso es muy importante y no se está tomando en cuenta. No he ido a un solo lugar donde tengan detectores de CO2 para ver que el ambiente no se sature”, lamenta el bioinformático.

Y, de nuevo, el uso adecuado de cubrebocas, particularmente los de termosellado tricapa plisado, o incluso los KN95.

“Los que no sirven son los que tienen válvula. Es absurdo, es como traer un calzón con hoyos o un pañal con hoyos, entonces el niño se hace pipí y se le sale todo. Es lo mismo que pasa con el cubrebocas que tiene válvula. Eso también se tiene que abandonar”, enfatiza Sánchez Flores.

“Pero sobre todo, y lo más importante: si yo sospecho que alguien de mi casa o yo pudiera estar contagiado o hubo contacto con un positivo, quedarse en aislamiento 15 días. Ese es el secreto para lograr el control de la epidemia”, concluye Comas García.

La OMS ha clasificado como variantes de interés a aquellas asociadas con una mayor transmisión en ciertas poblaciones y como de preocupación a las que, además de lo anterior, acumulan mutaciones que pudieran conferirles la capacidad de escapar al sistema inmune.

Variantes de interés

-Transmisión significativa en medio extrahospitalario.

-Menor capacidad de neutralización de los anticuerpos generados en infecciones o vacunas previas.

-Eficacia reducida de tratamientos.

Linaje / Etiqueta / Primera detección

B.1.427
B.1.429 Epsilon California, EU (Marzo 2020)
B.1.525 Eta Reino Unido/Nigeria (Diciembre 2020)
B.1.526 Iota Nueva York, EU (Noviembre 2020)
B.1.617.1 Kappa India (Octubre 2020)
C.37 Lambda Perú/Chile (Diciembre 2020)
P.2 Zeta Brasil (Abril 2020)
P.3 Theta Filipinas (Enero 2021)

Variantes de preocupación

-Aumento en la transmisibilidad y virulencia.

-Reducción significativa de la neutralización por anticuerpos generados por infección o vacunación previa.

-Eficacia reducida de tratamientos y vacunas.

-Fallas en la detección por medios diagnósticos.

Linaje / Etiqueta / Primera detección

B.1.1.7 Alfa Reino Unido (Septiembre 2020)
B.1.351
B.1.351.2
B.1.351.3 Beta Sudáfrica (Mayo 2020)
P.1
P.1.1
P.1.2 Gamma Brasil (Noviembre 2020)
B.1.617.2
AY.1
AY.2 Delta India – Octubre 2020

Las recomendaciones

Acelerar la vacunación, sugieren expertos, frenaría la transmisión del virus, cuyo continuo proceso de replicación propicia mutaciones y el surgimiento de nuevas variantes.

Utilizar cubrebocas, ventilar espacios cerrados y monitorear la saturación de CO2 en los mismos contribuye a evitar la infección.

Fuentes: OMS, Seguimiento de las variantes del SARS-CoV-2; CDC, Clasificaciones y definiciones de las variantes del SARS-CoV-2, y CoVariants (www.covariants.org).

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